Ощущение, что создается масштабная стратегия...
Насчет крафта:
Его можно скинуть на буканьеров. В таком случае у них игрок может закупать необходимые товары для крафта, не нужны ни шахты, ни лесопилки...Клану не стоит давать такие обширные полномочия. Должности, кланхоллы...
Чтоб справиться с крафтом достаточно реализовать систему торговли между игроками (или, если хотите, "обмена"). Тогда игроки смогут получат достаточное количество нужных им предметов и общение в игре будет более активным.
Кланы лучше вывести на уровень "Берегового братства". Игроку создать клан крайне сложно и попасть нелегко, но укрепившись клан может иметь весомую силу. И главное - их только несколько в игровом мире. Если кланы таки владеют колониями (хотя лучше "имеют влияние в ..."), то в результате возникнут большие территории: с одной стороны - стабильность и спокойное развитие в их центрах; с другой стороны - крупные баталии с участием огромных флотов на окраинах.
Если кланы будут большими, то должности лучше сделать прокачиваемыми до определённого статуса. После него игрока могут назначить на некую должность (за особые заслуги перед кланом=))
Насчет отдельных локаций (кланхоллов) для каждого клана, на мой взгляд, бред полный. Бессмысленно и не нужно. В крайнем случае - некие резиденции для "верхушки" клана (хотя и этого не нужно).