Permits - это разрешение на строительство данного корабля, ищите их в магазине вашего адмиралтейства. Захватываются корабли как и раньше, но на пвп сервере оставить корабль себе можно только захватив корабль у игрока (на ПВЕ сервере можно захватывать и у ботов). Необходимые слоты для прокачки на другом корабле будут отображены в подсказке при наведении на слот корабля, если он это требует. Информацию по дереву можно узнать в этой теме (под спойлером есть таблица с характеристиками).
В первом сообщении данной темы есть ссылка на подробное описание патча.