А может пусть сами игроки выбирают себе командующего и его заместителей. Как пример - создание флотов в еве. Там есть флиткомандер, есть винг и сквад командер. Роли раздаются создателем флота или старшим командиром, то есть флит командер может назначать винг командеров, а винг командеры сквад командеров. И можно еще чтобы Адмирал рисовал карту боя не для каждого корабля а для командиров подразделений, а те в свою очередь уже капитанам. Очки за руководство начислять всему командному составу в зависимости от результатов боя. Бафы делать разные, на скорость маневра, на скорость перезарядки и т.п. Командеры обменивают очки на бафы. Бафы распространяются только вниз по иерархии флота. Можно создавать специализированные подразделения с необходимыми бафами.
Тут еще плюс что малые кланы могут идти в большие флота уже сыгранным подразделением со своим командиром который будет подчинятся вышестоящему командиру.
Для рандомных боев вряд ли какая либо схема будет работать, ведь там каждый мнит себя адмиралом.