Я за то, чтоб в бою можно было командовать одним кораблем, а в доках держать еще несколько. Неплохо было бы, чтоб число этих нескольких пришвартованных зависело от "звания" или типа того (прогресса в игре, короче) игрока. Новичку позволено иметь один, опытному - 2-3, адмиралу - 5. Ограничение чтоб было 5 максимум (или даже 3 может быть). Потому что иначе у каждого в загашнике будет целая коллекция кораблей. А так будут только лучшие выбирать на хранение.
И кстати, думаю, можно сделать, как у "Корсарах" - начинаешь с мелкого/торгового кораблика, и постепенно можешь командовать все крутейшими кораблями. Или сделать содержание линейных (и, возможно, фрегатов и корветов) высоким настолько, чтоб только организированные группы могли их содержать (складываясь по копейке). А то будет у каждого второго, а то и первого, по линейному кораблю 100-пушечному, а другие и носа в море не смогут высунуть - разве интересно так? разве реалистично?